Yuya voudrait pouvoir participer au Championnat de la Ligue Arc Junior...mais pour ce faire, il lui faudrait gagner quatre autres duels. Le problème n'est pas tant de gagner les duels mais de trouver les duellistes qui voudront bien l'affronter. Personne ne veut se battre contre lui car il est le seul à posséder des cartes Pendule. Zuzu, elle, cherche à progresser suite à sa défaite de la veille et demande à Sora de l'aide...c'est alors que réapparaît le mystérieux duelliste masqué. Pendant ce temps, à l'Institut Leo, le professeur Marco a disparu. Une enquête est en cours...